在瑞典乡村，顽劣任性的十四岁男孩尼尔斯·豪格尔森因戏弄小精灵，被惩罚变成了拇指般大小的小人儿，并意外获得了与动物交谈的能力。正当他惊恐绝望时，家中的雄鹅莫顿受到北飞雁群的召唤，试图加入它们。情急之下，尼尔斯紧紧抱住莫顿的脖子试图阻止，却被带着一同飞上了天空，开启了一段惊险而奇妙的旅程。

尼尔斯骑在莫顿背上，加入了由睿智老雁阿卡带领的野雁群，开始了飞越整个瑞典的漫长迁徙。这场历时八个月的空中之旅，彻底改变了他。渺小的尼尔斯不再是被嘲笑的对象，反而凭借智慧和勇气成为了雁群的守护者：他从狡猾狐狸斯密尔的利爪下多次救下大雁，赢得了阿卡和雁群的信任；他悉心照料受伤的灰雁邓芬，帮助她重获飞翔的力量；他深入险境，智斗贪婪的紫貂和水獭，成功解救了被囚禁的绿头鸭雅洛；他甚至在城堡中指挥黑鼠对抗入侵的褐鼠，保卫了粮仓。他还与一只被人类误解囚禁的小鹰高尔果建立了深厚的友谊。

穿越巍峨高山、广袤森林、壮丽湖泊和繁华城镇，尼尔斯亲历了瑞典各地的风土人情与四季变幻。他目睹了神奇的鹤之舞大会，感受着大自然的壮美与和谐，深刻领悟到尊重生命、与万物共生的真谛。每一次历险都磨砺着他的心性，昔日的自私与冷漠被善良、勇敢和责任感取代。

当春天来临，雁群飞回尼尔斯的家乡。他得知父母因生活所迫，准备宰杀莫顿。恢复人形的渴望固然强烈，但为了拯救生死与共的伙伴，尼尔斯毫不犹豫地挺身而出，冲向屠刀。这发自内心的无私勇敢之举，瞬间打破了小精灵的魔法——尼尔斯恢复了人形！更珍贵的是，他保留了旅程中收获的所有美好品质。

尼尔斯最终深情告别了翱翔天际的雁群朋友。曾经那个顽劣的男孩已不复存在，取而代之的是一位懂得关爱、勇于担当、敬畏自然的善良少年。这场骑鹅飞行的奇遇，不仅是一次地理上的穿越，更是一场涤荡心灵的成长洗礼，成为他生命中最珍贵的礼物。